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Pegasus: Performance Engineering for Software Applications Targeting HPC Systems
2020-01-01 Pinto, P.; Bispo, J.; Cardoso, J.; Barbosa, J. G.; Gadioli, D.; Palermo, G.; Martinovic, J.; Golasowski, M.; Slaninova, K.; Cmar, R.; Silvano, C.
Understanding the I/O Impact on the Performance of High-Throughput Molecular Docking
2021-01-01 Markidis, Stefano; Gadioli, Davide; Vitali, Emanuele; Palermo, Gianluca
Legio: fault resiliency for embarrassingly parallel MPI applications
2021-01-01 Rocco, Roberto; Gadioli, Davide; Palermo, Gianluca
Tunable approximations to control time-to-solution in an HPC molecular docking Mini-App
2021-01-01 Gadioli, D.; Palermo, G.; Cherubin, S.; Vitali, E.; Agosta, G.; Manelfi, C.; Beccari, A. R.; Cavazzoni, C.; Sanna, N.; Silvano, C.
Parametric Throughput Oriented Large Integer Multipliers for High Level Synthesis
2021-01-01 Vitali, E.; Gadioli, D.; Ferrandi, F.; Palermo, G.
A Review on Parallel Virtual Screening Softwares for High-Performance Computers
2022-01-01 Murugan, Natarajan Arul; Podobas, Artur; Gadioli, Davide; Vitali, Emanuele; Palermo, Gianluca; Markidis, Stefano
An extreme-scale virtual screening platform for drug discovery
2022-01-01 Gadioli, Davide; Vitali, Emanuele; Ficarelli, Federico; Latini, Chiara; Manelfi, Candida; Talarico, Carmine; Silvano, Cristina; Beccari, Andrea. R.; Palermo, Gianluca
MEDIATE - Molecular DockIng at homE: Turning collaborative simulations into therapeutic solutions
2023-01-01 Vistoli, Giulio; Manelfi, Candida; Talarico, Carmine; Fava, Anna; Warshel, Arieh; Tetko, Igor V; Apostolov, Rossen; Ye, Yang; Latini, Chiara; Ficarelli, Federico; Palermo, Gianluca; Gadioli, Davide; Vitali, Emanuele; Varriale, Gaetano; Pisapia, Vincenzo; Scaturro, Marco; Coletti, Silvano; Gregori, Daniele; Gruffat, Daniel; Leija, Edgardo; Hessenauer, Sam; Delbianco, Alberto; Allegretti, Marcello; Beccari, Andrea R
Domain-Specific Energy Modeling for Drug Discovery and Magnetohydrodynamics Applications
2023-01-01 Carpentieri, Lorenzo; D'Antonio, Marco; Fan, Kaijie; Crisci, Luigi; Cosenza, Biagio; Ficarelli, Federico; Cesarini, Daniele; Accordi, Gianmarco; Gadioli, Davide; Palermo, Gianluca; Thoman, Peter; Salzmann, Philip; Gschwandtner, Philipp; Wippler, Markus; Marchetti, Filippo; Gregori, Daniele; Beccari, Andrea Rosario
EXSCALATE: An Extreme-Scale Virtual Screening Platform for Drug Discovery Targeting Polypharmacology to Fight SARS-CoV-2
2023-01-01 Gadioli, D.; Vitali, E.; Ficarelli, F.; Latini, C.; Manelfi, C.; Talarico, C.; Silvano, C.; Cavazzoni, C.; Palermo, G.; Beccari, A. R.
Tunable and Portable Extreme-Scale Drug Discovery Platform at Exascale: the LIGATE Approach
2023-01-01 Palermo, G.; Accordi, G.; Gadioli, D.; Vitali, E.; Silvano, C.; Guindani, B.; Ardagna, D.; Beccari, A. R.; Bonanni, D.; Talarico, C.; Lughini, F.; Martinovic, J.; Silva, P.; Bohm, A.; Beranek, J.; Krenek, J.; Jansik, B.; Cosenza, B.; Crisci, L.; Thoman, P.; Salzmann, P.; Fahringer, T.; Alexander, L. T.; Tauriello, G.; Schwede, T.; Durairaj, J.; Emerson, A.; Ficarelli, F.; Wingbermühle, S.; Lindhal, E.; Gregori, D.; Sana, E.; Coletti, S.; Gschwandtner, P.
Out of kernel tuning and optimizations for portable large-scale docking experiments on GPUs
2024-01-01 Accordi, Gianmarco; Gadioli, Davide; Vitali, Emanuele; Crisci, Luigi; Cosenza, Biagio; Beccari, Andrea; Palermo, Gianluca
GPU-optimized approaches to molecular docking-based virtual screening in drug discovery: A comparative analysis
2024-01-01 Vitali, Emanuele; Ficarelli, Federico; Bisson, Mauro; Gadioli, Davide; Accordi, Gianmarco; Fatica, Massimiliano; Beccari, Andrea R.; Palermo, Gianluca
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